上海到喀什物流公路和铁路运价的形成机制不同给海铁联运带来阻力。比如盐田港，公路非常拥堵，虽然铁路给了优惠，一个箱子到盐田港，经过公路短载，再由铁路到港口，比公路直接拉过去还是要贵。但依旧难以真正吸引公路货源。全国各地经济发展水平不同，也要求运价机制随行就市；但铁路运价机制很难做到这一点。

　交通步和铁道系统市场化差别大。铁路规划18个中心站，33个班组站，规划上缺乏沟通，铁路集装箱枢纽场站建设与港口建设脱节。目前铁路枢纽与港口关系有三种：（1）铁路场站离港口很远；需要社会的集装箱拖车运力。（2）虽然很近，可能只有1公里，但是这一小段是由港口内部的装卸力量还是社会装卸力量来完成，谁来收费，也都存在问题。（上海有一个专办站离芦潮港就1公里，但是中间还要倒；离洋山港有30公里，因为桥上不能上去，所以中间要社会车辆倒，这个影响比较大。（3）铁路场站进到码头，但车头，动力，地铁，国铁之间的关系复杂，难以协调，给港口有效的换装等带来一些问题，需要国家层面来解决。

　　港航、铁路间信息的获取机制有巨大差别。铁路信息相对静态，动态信息相对封闭；但港口信息变化大，信息开放，及时性强。铁路和港口间信息不能衔接。
　单证体系不同。交通体系使用的是国际通行的单证体系，但铁路有自己的独立系统，违约赔偿等等。二者存在责权利的不统一。